Se consideran sus fundadores Don Nicolás de San Luis Montañéz, Fray Juan Bautista, el Capitán Francisco Aguirre Montañéz y el Alférez Sebastián Bravante, quienes improvisaron una Cruz, construida a base de piedras amontonadas y un altar para oficiar una misa, como acto simbólico de la fundación y se le da el nombre de Santa María de la Asunción y de la Aguas Calientes.
Para el año de 1640 obtiene la categoría de Pueblo y no fue sino hasta 1656 en que es nombrado como Tequisquiapan. El 4 de febrero de 1861, Tequisquiapan fue declarado Villa y el 30 de junio de 1939 se convirtió en Municipio.
Un sitio característico de Tequis es su Parroquia ubicada en la Plaza Principal del Pueblo que siempre ha sido uno de los principales atractivos por su belleza y sencillez. El proceso de construcción del Templo duró desde mediados del siglo XVIII hasta principios del siglo XX, tiempo en el que tuvo importantes etapas de reconstrucción.
La primera etapa de construcción inició entre los años de 1738 y 1744; la fachada se construyó en 1874; para 1900 se demuele el crucero pero la reconstrucción se detiene en 1910 debido a la Revolución, no es sino hasta 1919 que se reinicia la obra que fue finalizada en 1924.